Таки сделал как хотел, хоть и не через удаление проверки. Нахардкодил json со всем вариантами доставок (формат подсмотрел в логах консоли). В моем случае цены не высчитываются через сторонние модули и поэтому такой вариант подходит.
Положил это дело в catalog/controller/checkout/manual.php после строчки
array_multisort($sort_order, SORT_ASC, $json['shipping_method']);
$json_string = '{"multiflat":{"title":"Варианты доставки","sort_order":"1","error":false,"quote":{"multiflat0":{"code":"multiflat.multiflat0","cost":0,"tax_class_id":"0","text":"0 p.","title":"Самовывоз"},"multiflat1":{"code":"multiflat.multiflat1","cost":300,"tax_class_id":"0","text":"300 p.","title":"Курьером"},"multiflat2":{"code":"multiflat.multiflat2","cost":0,"tax_class_id":"0","text":"0 p.","title":"Почта"},"multiflat3":{"code":"multiflat.multiflat3","cost":0,"tax_class_id":"0","text":"0 p.","title":"EMS"},"multiflat4":{"code":"multiflat.multiflat4","cost":0,"tax_class_id":"0","text":"0 p.","title":"test"},"multiflat5":{"code":"multiflat.multiflat5","cost":0,"tax_class_id":"0","text":"0 p.","title":"test2"},"multiflat6":{"code":"multiflat.multiflat6","cost":0,"tax_class_id":"0","text":"0 p.","title":"test3"},"multiflat7":{"code":"multiflat.multiflat7","cost":0,"tax_class_id":"0","text":"0 p.","title":"test4"}}}}';
$json['shipping_method'] = json_decode($json_string, true);
У покупателя при оформлении заказа зависимость вариантов от региона работает и не выводит лишние способы доставок (модуль simple). В админке при редактировании заказа для любого региона можно указать любую доставку. Хз зачем это может быть нужно, но вдруг менеджеру припрет поменять в заказе.