Конечно сомнительная затея.
Но, по замыслу автора:
1) содержимое папки "upload/catalog/view/theme/default" дублируете в "upload/catalog/view/theme/name_new_theme" и делаете с ними всё, что угодно. Только дублируете лишь те в которых есть какие-то изменения, либо неизменённые потом удаляете.
2) другие изменения (в контроллерах, модели или языковых файлах) делаются с помощью ocmod, хотя в идеале просто туда не лезть, и если нужно создавать свои.
3) для более "широких" доработок и "своих фишек" хорошо использовать library или helper
4) есть ещё события, использовать их будет вообще "по феншую", особенно если отказаться от ocmod в пользу событий! (упускаю сейчас прения, что они сырые и т.д)