вполне может быть из-за модуля импорта,т.к. наблюдал что если в нем проставиить нумерацию id категорий 1,2,3,4,..то товары в категориях не выводились,да и сами категории тоже.
При этом если эскпортировать файл и посмотреть с какого id там категории прописаны и эти номера проставить (у меня было id категорий 52,53,54,55...),тогда все товары нормально выводятся.
Т.е. в базе по-моему какая-то автоматическая нумерация этих категорий идет,типа сколько сощздавали когда-либо категорий столько счетчик и наклацал (у меня получается создавалось 52 категории до этого , если верить этому счетчику)
P.S. все это чисто рассуждения которые подтвердить ничем не могу ,т.к. по-моему все-таки иногда товары появлялись:)