Итак, путем проб и ошибок было обнаружено, что убрать нелогичный подсчет товаров, который не учитывает выбранных фильтров, можно следующим образом. В файле filterpro.min.js нужно закомментировать цикл проверки условия if (g.totals_data), строки 58-134. Вроде бы способ безболезненный.
Но следует отдать должное товарищу freelancer, который, как истинный партизан, очень хитро запрятал этот подсчет внутрь яваскрипта, видимо чтобы враги не сразу догадались, как его убрать :)
Но вопросы насчет ненужного вывода блока фильтра в пустых категориях (или в родительских, которые содержат много дочерних с товарами, но сами по себе пустые) и вывода валюты рядом с полями ввода ценового диапазона остаются открытыми.