Спасибо, друзья что откликнулись, решение найдено! И оно, как обычно, довольно банально. На скрине и в логах длинных запросов можно прочитать что там идёт запрос на вывод определённых категорий, путём не сложных дидуктивных рассуждений я понял что это иды тех самых категорий которые у меня должны выводиться в главном меню, что горизонтальное, однако даже при выключенном в дизайне меню эти запросы всё равно создаются и сильно нагружают базу. Решение: Каталог/категории/изменить/данные и снять галочку с чекбокса "главное меню".
Где именно этот код? На главной я не нашёл, возможно он относился к конкретному модулю. Дистриб уже перелопачен так, что стандартным его не назвать...