Ваш программист прав, но отчасти
Генерация кеша vqmod будет действительно долгая, поэтому есть зависимость
1. от того на какое время стоит кеширование
2. он проверяет изменение файлов, чтобы перестроить кеш - это тоже занимает время
В идеале конечно почистить все хорошенько, плюс если есть модули которые вы точно будете везде использовать и они тяжелые, то имеет смысл перенести их в рабочий код, хотя обновлять например движок будет чуток сложнее, но если грамотно все сделать и с комментариями ничего страшного не будет.
Если интересно, могу посмотреть и заняться, перенесу все на свой сервер замерю на контрольных нескольких страницах время генерации и после оптимизации также посмотрим что получилось. Пиши в ЛС