Обычно префиксы используются для различных установок одного и того же скрипта.
Например, вы хотите создать два магазина на Opencart с различными товарами (например цветы и оружие), но хостер предоставляет вам только одну базу данных MySQL.
Понятное дело, что при использовании одинаковых данных для доступа к mysql (сервер, пользователь, пароль, база данных) вы получите два идентичных магазина.
Вот тут-то вам и поможет префикс таблиц.
Используя различные префиксы таблиц вы можете указать цветочному-магазину использовать таблицы с префиксом
flower_
, а оружейному-магазину - использовать все таблицы с префиксом
weapon_
Таким образом вы получите два совершенно разных магазина, использующих одну базу данных.
Если же хостер не ограничивает вам допустимое количество баз данных - лучше не использовать префикс, а создавать разные базы данных для разных магазинов.