Ошибка в коде.
Дело в том, что заказу присваивается статус "Оплачено" еще до фактической оплаты пользователем, что может ввести в заблуждение.
Чтобы это исправить я поменял catalog/controller/payment/yandexplusplus_card.php и catalog/controller/payment/yandexplusplus.php, в самом конце файла где addOrderHistory
заменил $this->config->get('yandexplusplus_card_on_status_id') на $this->config->get('config_order_status_id')
Вторая ошибка:
В настройках модуля указывается адрес callback Яндекса, так вот для доменов https он должен начинаться с https соответственно, а не с http
Автор, поправь свой код пожалуйста