У меня была аналогичная проблема - после ручного обновления кэша модификаторов сайт упал, стала появляться ошибка HTTP 500. В логах var/log/nginx/error.log стала появляться ошибка "FastCGI sent in stderr: "PHP message: PHP Fatal error: Class 'Ocart' not found in .../vqmod/vqcache/vq2-system_storage_modification_system_engine_loader.php on line 102" while reading response header from upstream, client: ...". Оказалось, что после установки и удаления одной из шаблонов тем остались некоторые файлы, а именно system/storage/modification/system/engine/loader.php, который и указан в имени файла в vqmod/vqcache. Поудалял все эти файлы и магазин успешно загрузился!