при заданном параметре session.cookie_lifetime параметр с ключом default, содержащий id сессии никогда не запишется в куки
все дело в строке, при которой время жизни устанавливается некорректно
setcookie($key, $this->session_id, ini_get('session.cookie_lifetime'), ini_get('session.cookie_path'), ini_get('session.cookie_domain'), ini_get('session.cookie_secure'), ini_get('session.cookie_httponly'));
в текущей 3 версии на Гите это уже исправлено
setcookie($config->get('session_name'), $session->getId(), (ini_get('session.cookie_lifetime') ? (time() + ini_get('session.cookie_lifetime')) : 0), ini_get('session.cookie_path'), ini_get('session.cookie_domain'));