Разобрался. Оказалось откуда-то при переходе со старой версии фильтра новый достал свойства фильтров товаров некоторых только, хотя сами фильтры и их значения давно были удалены. Всё вручную почистил и ок.
Теперь хочетс спросить у автора модуля, особено что касается мобильной версии, кнопка применить фильтр привязывается к низу окна, и т.к. у меня сайт сначала открывается на Укр языке - то браузер снизу окна панелькой спрашивает вопрос с предложением перевести страницу на русский. И эта панелька с вопросом перекрывает кнопки применить параметры фильтра, её просто не видно. Может быть есть смысл привязать конпку как-то к низу самого фильтра а не окна браузера?