Добрый день!
1. Модуль комплектов не меняет механизмы оплаты и начисление баллов на сайте, поэтому по идее должно работать, если сам модуль балов не вносит кардинальные изменения в код файла system\library\cart\cart.php.
2. Если в результате работы модуля лояльности для какого-то товара формируется стандартная акционная цена(на вкладке "Акции"), то да, акционная цена попадает в комплект.
Так же в настройках комплекта можно отключать стандартную акционную цену на товар и тогда будет использоваться обычная цена.
Подробнее здесь, пункт 8:
https://demo-ru.opencart-expert.com/9-forma-sozdaniya-komplekta
И насколько я помню надо учитывать, что модуль лояльности расширяет основную библиотеку system\library\cart\cart.php, в частности метод "getProducts" и для совместной работы двух модулей надо будет сделать адаптацию между ними.
3. Да, можно создать один комплект, привязать его например к нескольким товарам или категории, выбрать режим "Основной товар + доп. товары".
И тогда на странице товара в первой позиции будет выводится тот товар на странице которого отображается комплект, а во второй позиции будет товар из списка
http://prntscr.com/pw9ewf