Не спрашивайте зачем но нужно вручную отредактировать YML файл, так чтобы добавить в него новые категории, при этом логично что id этих новых категорий должны быть уникальны. Первое что пришло в голову скопировать существующую категорию и к ее id в начале приписать нолик. Типа было так:
<category id="613" parentId="716" >Резиновые сапоги</category>
а стало так:
<category id="0613" parentId="716" >Резиновые сапоги для девочек</category>
однако засомневался можно ли так делать. Ну то есть что случится при попытке импорта такого файла в другой магазин? Не будет ли ошибки из за нулей в айдишниках?