Еще раз повторюсь:
модули читаются тут: $modules = $this->model_design_layout->getLayoutModules($layout_id, 'content_bottom');
а $layout_id зависит от route:
if (!$layout_id) {
$layout_id = $this->model_design_layout->getLayout($route);
}
у тебя route = common/content_bottom/index
для этого route нет layout. поэтому он берется тот что по умолчанию. А по умолчанию наверное нет назначенных модулей.
И да что того что-бы модули отображались, нужно return $this->load->view('common/content_bottom', $data);
заменить на echo $this->load->view('common/content_bottom', $data);
Но я бы сделал по другому:
Ничего не ламал и переделывал , а сделал бы отдельный контроллер и к нему обращался через ajax за всеми сайдбарами.
П.С. /index в конце не обязательно. Он и так вызывается