господа, нашел наконец-то решение.
убрал сео про, почистил кэш систем и браузер, убрал все редиректы с хостинга, восстановил изначальный htaccess и добавил в него такие строки:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.cite.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://cite.ru/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\ HTTP/
RewriteRule ^index\.html$ / [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ / [R=301,L]
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^route=common/home$
RewriteCond %{REQUEST_METHOD} !^POST$
RewriteRule ^index\.php$ http://%{HTTP_HOST}? [R=301,L]
всё. код убирает дубли с www, index.php, index.php?route=common/home, /.
метод работает на opencart 2.2.0.0.