В общем что нужно сделать, чтобы снова стали приходить уведомления:
Если планируете отправлять сообщения не в беседу, а только себе, то выполнять пункты 3,4,5 не нужно. Достаточно выполнить пункт 1,2 И нужно написать сообществу с того аккаунта кому должны приходить уведомления.
Заходим в настройки сообщества ( если сообщества нет, то нужно его создать):
1. Работа с Api > Получить ключ > Скопируйте его(это токен который нужно указать в access_token )
2. Сообщения > Сообщения сообщества > Включить
3. Настройки ботов > Включить бота > Разрешить приглашать в беседы
4. Пригласите группу в беседу
5. В id беседы указываем эту беседу, но не вашу, а бота, т.е по очередности, пригласили в первую беседу - id 1 во вторую - id 2 и т.д. В новой версии добавлю возможность получать id беседы.
P.S. Отдельно спасибо @iglin за помощь в решении проблемы с VK, так же спасибо @Tobolskiy за уведомления о случившейся проблеме.