Добрый день! Я бы делал по такому принципу:
1. В настройках модуля включите функцию "Включить полную проверку при копировании" http://prntscr.com/rf3vdw
2. Добавляете товары с новыми вкусами
3. Заходите в любой ранее созданный товар-разновидность, у которого уже есть часть созданных опций (без новых позиций)
4. К этому товару добавляете опции с привязкой к новым созданным товарам
5. Нажимаете Копировать опцию
6. У вас высветиться предварительный список связей, которые можно создать и те опции, которые уже есть у товаров, будут подсвечены красным и отмечены галочкой http://prntscr.com/rf403s, так же автоматически проставиться режим "Добавить к существующей", здесь ничего менять не нужно
7. Далее нужно нажать слева, вверху кнопку удалить http://prntscr.com/rf412t, что-бы не продублировались уже созданные опции. Для новых товаров будет создана новая опции с полным списком связей http://prntscr.com/rf43u5, а для старых просто добавятся те товары, которых еще нет (т.е. новые)
8. Нажимаете "Применить изменения"