Ну в самом деле же... А как иначе? Ну конечно при обновлении шаблона его файлы перезаписываются, и так же обстоят дела с модулями - если их файлы менялись, то при их обновлении всем изменениям кирдык.
Именно поэтому есть пара простейших рецептов, которые позволят сэкономить нервы и вам и исполнителям:
1. Бэкап (файлов хоста и БД) - это не первый даже пункт, а нулевой. Это позволяет развернуться из бэкапа за несколько минут, независимо от того кто и что вам сделал и что из этого вышло не так, да хоть луна в водолее покорячила файлы или БД. Но этим пунктом озаботиться должен владелец хоста, а не исполнитель, ну или делегируйте исполнителю доступы к управлению хостингом/впс'ом и включайте этот пункт в ТЗ
2. Нужны правки - делайте через ocmod. Это позволит иметь все те же правки при обновлении файлов движка/шаблона/модулей.
Без обид, но на зеркало пенять не нужно