Опции как сущность довольно убоги, если можно так выразиться. Преимущество в том, что с этим модулем опция является товаром, а значит может иметь свои урл, цену, акции, скидки, характеристики (атрибуты), бонусы и все прочее, чего лишены опции. Поисковики будут отдавать урл подходящего к запросу товара, ну типа "свитер синий", меньше головняка с всевозможными выгрузками на маркетплейсы, где каждый размер или цвет или объем обязаны быть отдельными товарами. Даеще и связки со складскими программами, из которых не все умеют работать с опциями в принципе.
Это на вскидку, и из личного опыта, наверняка применения такой "свободе от опций" гораздо больше (серии, комплекты, бандлы и прочая и прочая).