да, это хорошее замечание.
обновление движка НЕ приводит к обновлению модификаторов. Это дает только возможность, обновить систему, без ручного переписывания стандартных файлов, но не исключает переписывания руками модификаторов, если обновление того потребует.
это вопрос субъективный, кому как удобнее.
Мне удобнее модификаторами пользоваться. хотя есть такие "заготовки", которые я уже внес в свой вариант инсталляции и они автоматом грузяться при развертывании даже дефолтной системы.
если вы понимаете, что меняете - можно и менять, никто не запрещает )))
у меня часто так, когда например модуль или модификатор, выполняет приблизительно то, что нужно, но требует доработки под конкретные условия.