1. Модификации ocmod в логах есть. VQMOD'а нету, поэтому заходите в каждий vqmod модификатор и ищите в нем строку * подобную этой - <file name="catalog/controller/common/header.php">, анализируйте, делайте вывод.
2. Ну, рабочий кусок кода, получился.
Возможен конфликт из-за того что разные файлы пытаются модифицировать 2 куска кода, один полностью модифицировал, второй не может уже найти некоторый код (начала) из-за модификации предыдущего, поэтому нижняя часть модифицировалась, верняя нет.
На практике так.
Модификатор №2 пытаеться найти строку к примеру if($products)
До работы модификатора №1 она есть в таком же виде, потом модификатор №1 сделал ее так if (isset($products) && !empty($products)
И уже Модификатор №2 ненаходит if($products) так как этой строки уже не существует.
Причем это может быть не косяк предыдущего разработчика, а просто не полной совместимости модификаторов.