Такой вопрос - а у Вас сразу идет переадресация на поддомен города, с которого зашел человек?
Если да, то я бы тоже сначала склеил домены 54-mebel.ru и mebel-maximus.com и только потом работал с регионами.
Если же всплывает подсказка - "Вы из города х" и ссылка, то ничего не мешает сразу поддмены включать, вес с сайта 54-mebel.ru все равно нормально передастся на основной mebel-maximus.com. А поддомены пусть индексируются, т.к. поисковик считает их отдельными сайтами, независимыми от основного.
Так же я бы посоветовал на поддоменах написать уникальные тексты для главной и категорий, а в футере или хидере менять адреса нужного города. А то все Ваши поддмены могут тоже склеить за одинаковый контент.