Только что опробовал, заметил странное - смена ЧПУ работает, но не сразу (несмотря на чистку system/cache и обновление страницы, тестил на чистом ocstore 1.5.5.1.2)
Чтоб работало - выставляйте seo-pro в настройках, если хотите полный путь - пути вроде тоже должны иметь ЧПУ.
Насторожило, что несмотря на чистку кеша, изменилось только после включения-отключения ЧПУ + вкл-выкл окончание и повторной чисткой кеша.
А вот с canonical все сразу ок было - как только в админке ставил полный путь ЧПУ, путь исправно менялся в нем
PS: лучше не через robots.txt страницы исключать, а в Гугле зарегестрироваться и через удаление ссылок в Вебмастере. Вебмастер вам все равно пригодится ;)