Я вообще на все страницы у которых появляется page, order, sort, keyword и т.д. ставлю noindex,nofolow... расписывать почему мне лень. За поисковики не переживай, они все товары проиндексируют.
Внешние генераторы всегда будут медленнее локальных... 4 часа это жуть, и 7000 товаров это не много. Вот прямо сейчас причесываю человеку сайт. Примерно 500 категорий примерно 4000 товаров... сгенерил сайтмэп за 25 секунд... и это родным, OpenCart'овским, генератором... завтра поковыряю его - думаю будет летать. Так что лучше использовать встроенный генератор, а если плотно тупит - сливать сайтмэп в файл и скармливать этот файл поисковикам. По любому будет быстрее внешнего генератора.
Важен порядок следования директив внутри блоков для разных пауков, а порядок следования самих блоков - роли не играет. Я привык общие директивы писать в конце.