Что вы подразумеваете под "считает скидку"? Отображение в итоговых данных накопительной скидки, так?
Это и должно быть.
Я много раз уже объяснял, что включенная галка на этом параметре НЕ отключает саму скидку (если по условиям прошлых покупок покупателю положена скидка - она будет при следующих заказах, до тех пор пока отвечает необходимым условиям), а НЕ добавляет в накопленную сумму акционные и скидочные товары.
Другими словами: Накопленная ранее покупателем сумма: 500р. В корзине лежат 2 товара: на 100р обычный и на 80р акционный.
После оформления текущего заказа покупателю в накопленную сумму добавится 100р, а не 180р (если бы галка была отключена) и составит 600р.
Другой пример: Накопленная ранее покупателем сумма: 500р. В корзине лежат 2 товара под акцией: на 200р и на 50р.
Скидка в включится, а накопленная сумма после оформления заказа останется размером 500р, т.к. все товары в заказе были акционными и начислять в накопленную сумму нечего.