У меня в 1С-ке, есть три варианта оформления Заказа Покупателя:
1. Товар есть на складе и его можно поставить в резерв за данным Заказом Покупателя;
2. Товар есть на складе, но не ставить в резерв. ( иногда покупатели хотят поискать где дешевле );
Если пришла оплата, можно поставить в резерв и готовить к отгрузки.
Проверял обмен по расписанию, то реально работало.
3. Товара нету на складе, но есть у поставщика, тогда надо оформлять заказ поставщику, и этот товар резервируется под этот Заказ Покупателя.
Но с третьим вариантом, есть глюки, понять что куда и как и почему не дает списать товар не понятно, по этому третий вариант "так себе", над ним нужно работать.
А вот если у Вас на сайте есть оплата онлайн ( интернет эквайринг ), то тогда автоматически заказ который прилетает с сайта уже оплаченный, он должен сразу по умолчанию вставать в резерв за оплаченным заказом.
А вот варианты с оплатой " с наложенным платежом" это уже отдельная история.
На форуме битркс читал, что надо типа в 1С-ке делать два склада один для "офлайн торговли" другой для "онлайн торговли", если быть честным то сам прозрел от такого совета от битрикс