будут двойные ссылки, но если вы сразу проставите для всех товаров псевдонимы поисковые системы о них никогда не узнают, несуществующие страницы - если часто удаляете товары\статьи\категории, то возможно и эта проблема не обойдет стороной)
вы правы, в опенкарте есть куда стремится.
с двойными ссылками легко бороться - проставить для всех товаров псевдонимы и запретить через robots.txt доступ к ссылкам вида route=product/product&product_id= и им подобные.
для красоты и общей эстетичности заменить адреса страниц типа route=checkout/cart, route=account/account и другие для которых нельзя изменить псевдоним из админки, заменить на те же псевдонимы.
через тот же роботс закрыть доступ к пользовательским страницам (корзине например - зачем гуглу там копаться, там все равно его ждет строчка "корзина пуста")
добавить сайтмап в роботс.
ну для страничек которые говорят что такой страницы не существует выдавать ответ 404, а не 200.
как видите вроде бы ничего особенного, но тем не менее из админки этого не сделать, но и не обладая спец знаниями вы вряд ли что либо сделаете, хотя как это реализовать на форуме уже расписано, в том числе и мною.