Посмотреть что занимает большой объем данных, например, через shell клиент командой du или сторонним пакетом.
Почистить магазин.
Использовать batch editor, он удалит файлы изображений вместе с выключенными товарами.
Добавить код для удаления изображений при удалении товаров. Можно так же написать скрипт, который удалит все изображения, не относящиеся к существующим товарам (осторожно) (где-то видел что-то готовое).
Если у вас выделенный сервер, то можно поставить пакеты mozjpeg и optipng для сжатия картинок, либо поговорить с тех поддержкой, чтобы они поставили.
Обрезать оригиналы изображений до максимально допустимых размеров в магазине, перед их непосредственной загрузкой на сервер. (обрезка + FileOptimizer). Либо написать скрипт, который сам сделает обрезку оригинала при загрузке.
Провести в магазине типизацию размеров изображений и из множества оставить несколько. Чем меньше таксономий, тем меньше размер всех кэшированных изображений.
Подумать о смене тарифа, переезде, покупке доп. дискового пространства.
Я бы на вашем месте все автоматизировал, чтобы не беспокоиться метастазах. Раз уж проблема есть, то ее нужно решать.