Модуль здесь ни причем, Сам опенкарт построен таким образом, что опция это придаток к основному товару. Стоимость опции нельзя указать цифрой, она рассчитывается как + или - к основному товару.
Так как модуль не загружает стоимость товара 0, то у Вас и получается 50+1=51. Логика вашего магазина работает согласно алгоритма, т.е. без ошибок :)
Как вариант можно попросить автора модуля сделать отдельную галочку, которая бы при указанной основной стоимости "0"проверяла наличие опционной стоимости, и если таковая есть принимала строку как нормальный товар но с ценой 0.
Иногда приходится в принципе внести товару стоимость 0, с модулем это сделать довольно сложно, предлагаю в принципе сделать отдельный столбец проверки строки (товар или нет) если в ячейке стоит цифра отличная от 0, то это товар, при этом по цене проверку не производить.