Вроде, разобралась. Напишу, может, кому понадобится.
Сбивает с толку, когда читаешь что-то подобное этому http://www.templatemonster.com/help/ru/opencart-how-to-set-up-and-manage-multiple-stores.html :
Обычно, если Вы хотите расположить 2 домена на одном сервере, необходимо всего лишь создать новую папку для поддомена. Например, если главный магазин установлен в директории "public_html/opencart", то новый поддомен (opencart2) должен разместиться в директории "public_html/opencart" , т.е: "public_html/opencart/opencart2".
По факту необходимо создавать новый субдомен en.домен.ru с указанием, в моем случае, корневого каталога документов не public_html/en, а public_html/
Об этом также можно почитать здесь