да, вы правы, переходить на 2.0 еще очень рано, думаю не раньше чем через пол года можно будет. Во-первых 2.0 еще очень сырой, а во-вторых на голом движке много не сделаешь, нужны модули, а их на 2.0 пока мало кто попереносил.
по правкам - если сайт ваш, то я бы использовал систему контроля версий, например git, все изменения держал там и вносил изменения прямо в код движка. vqmod это на самом деле очень плохой инструмент, который потом может стать причиной кучи конфликтов + если делать все на vqmod то это займет раза в 3 больше времени + не все можно сделать через vqmod и все равно придется кое где вносить изменения в сам движок.ИМХО
Хотя тема очень холиварная, сколько людей столько и мнений.