Модуль это модуль. Нигде не сказано что там должны быть только блоки. В модуле может быть что угодно. например очень удобно на странице модуля добавить какие-то настройки. Или даже поместить туда всю логику работы модуля, если модуль используется только в админке.
Vqmod это не решение, это костыль, который нужно использовать с большой осторожностью и исключительно там, где другими методами ничего сделать невозможно.
Мусор всегда нужно удалять. Тем более что в опенкарте есть стандартное средство для этого - метод uninstall, который используется модулями и который в вашей сборке почему-то выпилен, наверное в пользу красивого дизайна..
А вообще именно но этой причине я настоятельно не советую никому из своих клиентов использовать сторонние сборки (кроме разве что ocstore, так как он меньше всего модифицирован). Так как пользователи часто ведутся на красивые менюшки после чего сталкиваются с кучей проблем совместимости модулей. Например модуль может не работать потому что автор сборки решил убрать методы (install и uninstall, потому что наверное лично он ими не пользуется). И это только 1 из примеров, а реально их десятки. Для опытного программиста это не проблема, а рядовой пользователь, которых 99%, эту проблему просто не решит. И начинаешь получать письма от клиентов - купил модуль, а он не работает, сборка опеншоп, или купил модуль, а он не работает, сборка максистор и так далее.. Закатываешь рукава и начинаешь разбираться в этом зоопарке сборок..
Имхо, если делать сборку, то она должна минимально насколько это возможно менять сам движок. В противном случае у пользователей будет очень много проблем с совместимостью модулей.