- сложность решения этих конфликтов
- vqmod это неправильное решение, которого нету ни в одном другом движке, будущее за Событиями, а vqmod скорее всего уйдет с какой-то 3 версии opencart
- vqmod не покрывает всего кода - например им невозможно заменить установочные файлы (а хочется же добавить логотип ocstore в установку, добить русский язык, поменять какой-то текст, внести изменения в таблицы базы данных итд.), css, js файлы.
- намного солиднее выпустить отдельную сборку, а не кучу xml файлов, при установке которых на рабочие сайты появится куча конфликтов.
- создание изменений через vqmod и отладка их занимает намного больше времени, чем изменение самих файлов
- изменяя сами файлы можно использовать для работы git для например сливания изменений с оригинальной версии через обычный merge