Что-то я не встречал модулей, адаптированных для мобильный гаджеты и, соответственно, не понимаю зачем использовать в модуле bootstrap. В чем смысл? А markimax вообще в странных отношениях с отзывчивым дизайном и, как мне казалось, не будет переживать об этом.
Это если говорить про потенциальную возможность использования bootstrap для отзывчивой верстки. Не вижу проблему.
DOM структура той же карточки продукта или превью продукта что в лес что по дрова сейчас и такой же останется. Не понимаю в какую сторону bootsrap тут усугубит ситуацию. Обращение к какому-нибудь <div id="cart"> через vQmod это верх кощунства, я считаю, а выдернуть из jQuery по #cart можно с таким же шансом на успех что и раньше.
UPDATE: Ну, если считать проблемой поломанные костыли из серии <search position="after"><div class="product-info"></search> проблемой, то, да, bootstrap это проблема. Но я не считаю, что такие костыли в принципе имеют право на жизнь.