Саш, мне сразу приходит по памяти фраза Торвальдса:
Если же по сабжу, то да, есть такая проблема, что:
1. Невозможно учесть все варианты отклонений от стандарта и настроек модуля (это в вашем случае), так что поставить "заглушку" или модифицировать код - доводится в процессе.
(у меня была похожая ситуация, когда заказчик купил модуль, он был под "ionCube" защитой и... использовал оператор, который в версии php 5.5 был deprecated (устаревшим ) и при попытке обратится к разработчику, получили в ответ : "Меняйте версию php на хостинге")
2. Конфликты с другими модификаторами - это вбольшей степени относится к vqmod наработкам и решается в индивидуальном порядке.
3. Изменённый код, например переписана в модели функция выборки, что в свою очередь тянет зависимости... и решается так же, в индивидуальном порядке...
учесть все моменты не является возможным, но, самое главное, что на проблемы и ошибки - реагируют и устраняют и в вашем случае - это результативно.