Модуль категорий, который слева у вас, каждый раз при выводе делает запрос в базу. У вас приличная вложенность да и категорий не мало, вот он и тормозит генерацию страницы. А если в контроллере остались куски кода, в которых идет подсчет количества товаров для каждой категории - это +тормоза еще.
Кроме этого, подобный запрос дублируется в контроллере header, и даже если у вас в tpl не выводится меню, не факт что разработчики вашего магазина выкусили этот код из контроллера.
Избавиться от этого можно посредством кеширования модуля категорий и правкой хедера. Да и в принципе на двух тысячах товаров имеет смысл начать использовать модули кеширования всей страницы, а не кешировать кусками.