Я обратил на это внимание.
Но давайте уж на чистоту.
В данном конкретном случае. Проект работает в конфигурации nginx+php-fpm, а еще может быть nginx+ apache fastcgi, а еще может быть nginx + apache, а еще может быть nginx + CGI.
Так что как вы говорите самого популярного может быть только четыре варианта в базовом пакете ISP. И так как я самый умный, я так же могу вам обстоятельно заявить, что какждый из режимов работы выше приведенных конфигураций веб-сервера имеют очень большое специфическое количество нюансов, о которых вы даже не догадываетесь
Кроме того, подобные симптомы могут вызывать, если мы говорим о самом популярном и ISP, некорректная конфигурация mysql сервера и дефолтные 28800 таймауты, глючный выжирающий ресурсы антивирус, брутфорс, паразитные боты, скрипты обновления чего-либо инициализирующиеся при входе в админку и так далее.
И если говорить уж совсем октровенно, то в данном случае проблема с вероятностью 99% кроется в php-fpm, так как дефолтная конфигурация в ISP оставляет желать лучшего.
И раз уж вы хотите проявить себя, я вам могу дать лог апача этого магазина, отследите мне... все процессы и проблемы. Много вы отследите если в логе нет ошибок и лога самого нет, а есть просто долгое время ответа сервера, которое появляется без какой либо линейной зависимости... Ну ну...
Это я все к чему. Может не стоит выставлять себя лишний раз идиотом, давая глупые советы в стиле ответов мейл ру для яжематерей.