Повторюсь.
У вас самое узкое место - первый байт.
То что проблема зависит от железа - 90%.
Да, на вашем сервера можно что-то оптимизировать, но есть потолок физических возможностей. И мукскуль, к вашему сведению хранит таблицы на диске. Следовательно чем выше скорость доступа к файловой системе, тем быстрее работает мускуль без каких либо оптимизаций.
Только заменив диски можно получить прирост производительности минимум в 2 раза.
Не верите? Возьмите голый ВПС на NVMe поставьте туда копию магазина и посмотрите скорость генерации страницы.
Мои пункты оптимизации.
Современное железо NVMe-диски
Актуальное окружение (php-fpm, nginx, memcache и т.д.)
Тюнинг окружения
Оптимизация и/или выкидывание дополнений с кривой архитектурой.
Если у вас много статики, то вынос ее на отдельный сервер, к серверу можно подключить внешний диск по протоколу webdav. Сервер статики может быть и на SATA, для удешевления.
Бекапы хранить на внешнем сервере, опять же он можеть быть на SATA