По смыслу - да, одно и то же. Но синтаксис внутри XML файлов отличается.
vQmod если и устанавливать - то только если кто-то из разработчиков будет для OC2 упорно продолжать писать именно vQmod-ы. Смысла в этом мало, т.к. переписывать существующие модуля надо всё равно, а поскольку OCMOD встроен, то чтоб не напрягать пользователей - разработчикам нет смысла не писать ocmod-ы.
В таком случае, если всё-таки найдётся веская причина ставить vQmod - их существует две версии.
Ставьте версию только от JNeuhoff. Версия от Qphoria/Jay6390 (доступная на github:vqmod/vqmod) - НЕПРАВИЛЬНО работает в OC2. См. http://rb.labtodo.com/page/dve-raznye-realizacii-vqmod-dlja-opencart-2-samaja-rasprostranjonnaja-nesovmestima-i-konfliktuet-s-ocmod
Расширения / Установка расширений - закачиваем либо *.ocmod.zip, либо *.ocmod.xml. В случае zip происходит несколько действий (копирование файлов, выполнение скрипта с MySQL запросами, выполнение php-скрипта установки, сохранение XML в базе).
После этого Расширения / Модификации - здесь должна появиться модификация. Надо нажать кнопку "Обновить" для перегенерации файлов в кеше.
В модулях - если не появляется модуль, хотя должен, значит на первом шаге (Extension installer) происходит ошибка. Возможно, неправильно настроена вкладка FTP в настройках магазина (часто проблемы с полем "FTP root"), возможно проблемы с правами доступа. В первом случае установщик расширений радостно отрапортует зелёными сообщениями, что установка успешна, хотя на самом деле хрен там успешно. Если второй случай - обычно вываливаются окна с ошибкой "JSON Error ..."