Да, для бонусов и партнерских отчислений одинаковый механизм: при обработке заказа есть ссылка для их зачисления или снятия.
Видимо, связано с тем, что посылки не забирают, иногда возвращают товар, иногда делается refund или со стороны плктежной систмы или банка какая ситуация возникает (и не всегда в день обработки заказа).
В общем, не все ситуации чётко формализуемы по, например, статусам. По времени может быть разнесено на несколько дней. Если всё автоматом зачислено, при возвратах или других коллизиях про них можно и забыть. Поэтому наверное их и вынесли отдельно на первую страницу просмотра заказа. Отдать или забрать легко при обработке заказа и не надо городить интерфейс для ввода разных правил (при каком статусе начислять, при каких забирать).