Если вы дадите доступ только ко второму сайту и его базе, то они никак не навредят первому, т.к. доступа туда нет. Это первый пункт Вашего списка.
Что имеется в виду во втором - я пока совершенно не понимаю. Ответ ничего не прояснил. Какие изъяны? Что за изъяны? Может есть какие-то примеры, что вы под этим понимаете?
Ну и потом, если вы планируете допускать их к копии - на копии вы изменения и получите. Переносить их на основной сайт придётся вам. И если нет понимания процессов, сделать их по бумажке -- грозит сюрпризами. Всего не опишешь. Фрилансеры должны быть достаточно квалифицированными, чтобы передать вам набор файлов, изменений и скриптов по миграции данных в базе, а у вас должно быть достаточно квалификации, чтобы это всё принять и внести на основной сайт.
То есть всех ваших проблем инструкция всё равно не решит, насколько я понимаю.
Ну и обеспечить безопасную миграцию данных на живой базе, если она ещё к тому же и большая, да вслепую, без доступа к базе - задача по передаче этого вам иногда будет гораздо сложнее и рискованней, чем если бы специалист сделал её на основном сайте со всеми предосторожностями.
Вы наверное просто не совсем понимаете, что на самом деле просите передать все знания из головы фрилансера-специалиста, который этим занимается: вместо того, чтобы сделать работу, он должен научить вас, как сделать работу. По части переноса изменений на живую базу на продакшн сервере это почти всегда будет правдой. С остальными изменениями (базирующимися на файловой системе) попроще.