Не розумію в чому тут суперечка. Є проекти, які в принципі запускаються на шаблоні з правками чи доробками і успішно живуть в такому вигляді досить довго. В такому випадку звісно треба все через систему модифікацій робити. Або у випадку, коли ви розробник, який робить якусь точкову правку і не знаєте, що за проект, ocmod буде виправданий.
У ситуації, якщо ви вже на початковому етапі бачите, що тз замовника змусить вас переписати половину шаблону(якщо ви все таки його вирішили використовувати), + частина функціоналу шаблону по суті не потрібна, то це все треба оцінювати розробнику і вирішувати, яким шляхом іде проект. Бо він може бути кастомний, і тримати половину коду у ocmod в такому випадку не кращий варіант для підтримки та розвитку проекту. І все це заради перспективи оновлення шаблону ) ну таке ) Тоді взагалі варто подумати, чи потрібен той шаблон.
Тобто все індивідуально і відповідно до ситуації та потреб, немає єдиного правильного рішення, а є доцільне, хоча кожному своє )