Ну я это все к тому, что привести в порядок верстку в большинстве шаблонов, в частности, под opencart, нужно потратить не один час времени (и чем сложнее дизайн и неграмотнее изначальный создатель шаблона, тем больше времени придется убить на валидацию).
Если это делается "чтобы глаз радовало", то это одно, но тут вроде как обсуждали отношение поисковиков к верстке и ошибкам в ней, значит цель-то немного другая. А для поисковиков, вместо убивания 5 часов на создание валидной верстки, лучше это время потратить на написание уникальных, сбалансированных текстов с ключевиками (за 5 часов вполне можно наполнить текстами главную и десяток узлов каталога, толку от этого для ранжирования будет на порядок больше, чем от валидной верстки).
PS: а по Вашему вопросу по jQuery, так сходу сказать, в чем проблема у Вас не получится (не известно, какие дополнения к jQuery ставили, что в самом jQuery правили, что именно и как на нем реализовано и т.д., скорее всего, проблема именно в плагинах/скриптах на jQuery, а не в нем самом). Нужно смотреть полную картину, а то получается вопрос типа "у меня не заводится машина, вот фотка передней панели в момент завода" (без обид). :)