Просьба помочь с обновлением каталога товаров (цен и описания)

[VladRVD]

Добрый день, у нас есть проблема с сайтом при обновлении товара карточки дублируются + сайт из за этого начал работать медленно. 
Сейчас на сайте все стоит по нулям, но если зайти в админ панель сайта, то товары были продублированы.
Проблемы возникли после перехода с ISPManager на DirectAdmin, раньше все было нормально, до перехода на новую панель

Выгружаю файл с 1С товар, файл в формате CSV.
Загружаем его на сервер с папкой с сайтом и в 5 утра он обновлялся, если нужно было срочно обновить, то заходили в ISPManager и запускали Крон задачи вручную.
У нас стоит фильтр Brainy Filter  
Версия ocStore 2.3.0.2.3


Меня зовут Влад, живу в Киеве.
Электронная почта [email protected]