1. Вы сказали, что в 1с у Вас 2 товара, но не один товар с 2мя разными характеристиками. Да, физически это разные товары, но в 1с в справочнике "Номенклатура" представлены как один товар. Товар с разными характеристиками модуль обмена умеет обрабатывать, но объединять несколько товаров в один не умеет.
2. В последней стабильной версии 1.6.4.8 (не известно какая у Вас) там только один пункт "Стандартный", который работает с опциями по очень упрощенной схеме. В более старых версиях был еще другой способ, который умел работать с модулем опций, потом он был "выпилен".
PS: Если используется только одна опция (н-р, только цвет или размер), то более менее нормально, но если используется комбинация (н-р, цвет + размер), то без дополнительного модуля опций получить возможные комбинации опций, соответствующие характеристиками в 1с не выйдет . Вернее они будут представлены не очень приглядно (н-р, в одном селекте "Красный, размер L", "Белый , размер M" и т.д., но не в разных селектах "Цвет" , "Размер")
Об этом и написано в описании, которое Вы привели.