ваш Low Order Fee - это дополнительная оплата при минимальном заказе
она добавляется к стоимости заказа автоматически, при условии что включена и сумма заказа меньше пороговой суммы в ее настройках
а выводится она у вас после итого скорей всего потому что неправильно задали порядок сортировки
если вам нужно брать плату только за доставку (например 200), и только в случае если сумма заказа ниже определенной (например 500), тогда:
включите фиксированную доставку и установите для нее сумму 200
включите бесплатную доставку и установите сумму заказа, при которой она доступна (500)
теперь, при оформлении заказа, если его сумма меньше 500 - покупателю будет доступна только платная доставка (+200 к заказу)
если сумма заказа больше или равна 500 - покупатель сможет выбрать бесплатную доставку
а дополнительную оплату при минимальном заказе вообще отключите
(для наглядности, на примере ниже она включена и добавляется +50 при сумме заказа меньше 1000)
и не забывайте про порядок сортировки при учете в заказах
ну и перед Серегой неплохо бы извиниться..