Что бы выгружать все измененные заказы, кроме брошенных, нужно добавить фильтр по полю order_status_id в функцию public function queryOrdersExport(). Брошенные заказы имеют значение order_status_id=0.
// Этот запрос будет использовать индексы поля date_modified
$query = $this->query("SELECT `order_id`,`order_status_id` FROM `" . DB_PREFIX . "order` WHERE `date_modified` BETWEEN STR_TO_DATE('" . $from_date . "', '%Y-%m-%d %H:%i:%s') AND STR_TO_DATE('" . $to_date . "', '%Y-%m-%d %H:%i:%s')");
сюда добавить условие, что order_status_id<>0.
Функция находится в файле по пути admin\model\extension\exchange1c.php
Однако, я не совсем понимаю, зачем изменять заказы непосредственно в OpenCart, если можно эти обязанности возложить на 1С. Однако и в этом случае придется допиливать модуль обмена, поскольку у Автора логика выглядит следующим образом: Пришел заказ на сайт; выгрузили в 1С; изменили состав заказа в 1С (нет товара, или клиент решил заказать больше или меньше), выгрузили из 1С в ОС; получившуюся разницу в цене закинули в доставку. При этом состав товара, его количество в ОС уже не совпадает с данными в 1С. Поэтому в нашем случае, мы при загрузке обновленного заказа из 1С в ОС просто удаляем все товары из БД и записываем туда уже новые данные из файла обмена.
Так же, Что бы не вносить изменения в модуль обмена, можно использовать предложенный метод выгрузки заказов с определенным статусом после изменения в ОС, если вместе с изменениями заказу присваивать статус, указанный в настройках как выгружаемый.