нужно создать множество поддоменов, с транслитом названия региона.
поддомен, в глазах поисковой системы - это фактически отдельный сайт, поэтому он будет привязан к тому или иному региону.
с другой строны, это лишь один из вариантов, причем не всегда самый правильный.
приведу пример сайта http://www.avito.ru/, который не является магазином но также имеет очень выраженную региональность, у него нет поддоменов, все регионы распределены в таком виде: http://www.avito.ru/volgograd
в любом случае, чтобы продвигаться в каждом отдельном регионе потребуется в сумме очень много усилий. я бы рекомендовал вам выбрать для себя 3 самых приоритетных региона и продвигаться под них.
оптимизация, соответственно нужна внутренняя и внешняя:
внутренняя - это создание категорий оптимизированных под нужный регион, например "Купить модную одежду в Москве",
внешняя это простановка ссылок с региональными анкорами, желательно с сайтов этого региона.
самое основное перечислил.
если остались вопросы, обращайтесь
яндекс сейчас активно тестирует поведенческие алгоритмы, скорее всего проблема с ПФ сайта, юзабилити
