100% должно работать, в том числе и на 1.5.5.1.2. Скорее всего что-то неправильно сделали.
В данном решении не нужно прописывать домен и оно решает проблемы с вышеперечисленными дублями.
Вот полный htaccess:
Options +FollowSymlinks
Options -Indexes
<FilesMatch "\.(tpl|ini|log)">
Order deny,allow
Deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "error.(txt)$">
Order Allow,Deny
Deny from all
</FilesMatch>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^sitemap.xml$ index.php?route=feed/google_sitemap [L]
RewriteRule ^googlebase.xml$ index.php?route=feed/google_base [L]
RewriteRule ^yandexmarket.xml$ index.php?route=feed/yandex_market [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !.*\.(ico|gif|jpg|jpeg|png|js|css)
RewriteRule ^([^?]*) index.php?_route_=$1 [L,QSA]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%1/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\ HTTP/
RewriteRule ^index\.html$ / [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ / [R=301,L]
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^route=common/home$
RewriteCond %{REQUEST_METHOD} !^POST$
RewriteRule ^index\.php$ http://%{HTTP_HOST}? [R=301,L]