Спасибо! НЕ успел посмотреть ответ, сделал вот так в .htaccess папки магазина (в store). Заработало хорошо. Но боюсь, нет ли тут чего-то плохого для индексации, не могли бы проверить?
# SEO URL Settings
RewriteEngine On
#RewriteBase /
RewriteRule ^sitemap.xml$ index.php?route=feed/google_sitemap [L]
RewriteRule ^googlebase.xml$ index.php?route=feed/google_base [L]
RewriteRule ^download/(.*) /index.php?route=error/not_found [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !.*\.(ico|gif|jpg|jpeg|png|js|css)
RewriteRule ^([^?]*) index.php?_route_=$1 [QSA]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.efler\.ru)(:80)? [NC]
RewriteRule ^(.*) http://efler.ru/store/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ http://efler.ru/store/ [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%1/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\ HTTP/
RewriteRule ^index\.html$ / [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ / [R=301,L]